TargetScan数据库

TargetScan是一种广泛使用的在线生物信息学工具，可用于预测miRNA和其靶基因之间的相互作用。随着大量的高通量技术的发展，包括RNA测序和蛋白质组学，在许多研究中还可以使用预测性的miRNA靶基因，使得TargetScan成为用于miRNA靶基因预测的通用工具之一。本文将对TargetScan的数据库及使用方法进行详细介绍，并以一些实际案例来说明其应用。

一、TargetScan的数据库

TargetScan提供了不同物种的miRNA靶基因预测数据库，包括人类、小鼠、果蝇、线虫、斑马鱼等等。每个物种的数据库都涵盖了相应的miRNA及它们的靶基因信息。根据不同物种的基因序列，数据库会使用不同的算法和组合方法来推断miRNA和它们的靶基因之间的相互作用。目前，TargetScan最新版本是TargetScan 7.2，其中包含了涵盖109种物种的预测结果。在这个版本中，数据库包括了来自miRBase和miRTarBase的miRNA注释和已验证的miRNA-靶基因相互作用的信息。

第二，TargetScan的使用方法

在使用TargetScan之前，您需要进入TargetScan官方网站，并注册一个免费的账户。接下来，您可以按照以下步骤来使用TargetScan：

1.选择要预测的物种数据库

在主页面上，您可以选择要预测的物种，然后单击“Enter TargetScan”按钮。在跳转到TargetScan页面后，请单击左侧导航菜单中的“Prediction”选项卡（或者对于人合成的miRNA，点击“Custom”选项卡）。

2.输入miRNA序列或miRNA ID

在预测页面上，您可以输入miRNA序列或miRNA ID。如果您不知道miRNA ID，可以使用miRBase查询您感兴趣的miRNA。在输入您的miRNA序列或ID后，单击“Submit miRNA”按钮。

3.分析结果

在预测页面的最下方，您可以找到一个表格，其中列出了预测的miRNA靶基因列表。表格显示了每个靶基因的Gene Symbol，Ensembl ID，NCBI RefSeq ID，UTR中的miRNA响应元件（MRE）数量和位置，以及该靶基因的总上调分数（context + score）。此外，TargetScan还为每个预测靶基因提供了详细的注释信息，包括基因名、GENCODE ID、GO注释、KEGG Pathway注释等。

4.搜索特定的靶基因

如果您想查找特定基因的miRNA靶向信息，可以在TargetScan主页上的导航菜单中选择“Search”选项卡，然后输入您要查找的基因名称或ID。搜索结果将显示与您的查询相匹配的任何miRNA-MRE对，以及每个MRE的预测能力。

5.自定义miRNA查询

如果您有自己的miRNA序列或想分析其他物种的miRNA，您可以选择“Custom”选项卡，并按照页面上的说明上传相关信息（miRNA序列、RNAfold文件等）。上传成功后，您将获得与自定义miRNA相关的预测靶基因列表。

第三，一些实际的案例

1.使用TargetScan预测人类miRNA的靶基因

对于一个人类miRNA的靶基因预测案例，我们选择了人类miRNA hsa-miR-21-5p。在TargetScan主页面上，我们选择人类数据库，然后单击“Enter TargetScan”按钮。在预测页面上，我们输入所需的hsa-miR-21-5p序列，单击“Submit miRNA”按钮后，我们可以得到一个表格，其中列出了预测的miRNA靶基因列表。在预测结果中我们看到，有许多基因被预测为hsa-miR-21-5p的潜在靶基因，其中许多都已被验证为hsa-miR-21-5p的靶基因。

2.使用TargetScan确定一个基因的miRNA靶向性

对于一个靶基因的miRNA靶向性分析案例，我们选择了人类基因PTEN。在TargetScan主页面上，我们选择“Search”选项卡，然后输入PTEN的基因名称。在搜索结果中，我们可以看到所有PTEN含有的miRNA靶向信息，其中包括miR-21、miR-19、miR-106b等miRNA的预测结果。

3.使用TargetScan比较不同物种的miRNA靶向信息

对于不同物种中miRNA靶基因的预测案例，我们选择了小鼠和人类中miR-29b的预测结果。在TargetScan主页面上，我们选择小鼠数据库，然后单击“Enter TargetScan”按钮。在预测页面上，我们输入miR-29b序列，单击“Submit miRNA”按钮后，我们可以得到小鼠miR-29b的预测靶基因列表。同样地，我们可以在人类数据库中重复这个过程，并比较这两个物种的miR-29b预测结果。

总之，TargetScan是常用的生物信息学工具之一，被广泛用于miRNA靶基因预测。无论是预测整个miRNA家族的靶基因，还是在一个特定的物种中查找特定基因的miRNA靶向信息，TargetScan都可以为生物学家提供有价值的信息。 如果你喜欢我们三七知识分享网站的文章， 欢迎您分享或收藏知识分享网站文章 欢迎您到我们的网站逛逛喔！https://www.37seo.cn/